El Ayuntamiento de Pamplona a través de un Decreto de Alcaldía ha establecido el sistema de sustituciones en la institución en caso de ausencia, vacante o enfermedad. Este sistema también se aplicará cuando se presente alguna de las causas de abstención contempladas en el artículo 23 de la Ley 40/2015, de 1 de octubre, de Régimen Jurídico del Sector Público, o se haya aceptado su recusación en un procedimiento.
Las Concejalías Delegadas al tomar decisiones serán reemplazadas por las personas titulares de sus direcciones para tomar sus decisiones; en el caso de Concejalías Delegadas que dependan de más de una Dirección de Área, la sustitución será indistinta por cualquiera de ellas. Para las funciones que no sean de resolución, las direcciones serán reemplazadas por las Secretarías Técnicas asignadas a las correspondientes unidades orgánicas.
A su vez, las Secretarías Técnicas se reemplazarán entre sí o, en su defecto, serán sustituidas por el personal letrado o con licenciatura en Derecho de la Asesoría Jurídica (preferiblemente por aquellos que tengan asignada la labor de asesoramiento específico al Área a la que esté atribuida la materia). Estos profesionales también sustituirán al Secretario del Pleno, según el orden de designación establecido por la dirección de la Asesoría Jurídica.
En el caso de la Secretaría de la Junta de Gobierno Local, la concejala secretaria será sustituida por orden de designación por alguna de las personas designadas como suplentes. Si estas últimas también estuvieran ausentes, será suplente el concejal miembro de la Junta de Gobierno Local de menor edad presente que no ejerza, en su caso, la función de Presidencia. A su vez, el titular del Órgano de Apoyo a la Junta de Gobierno Local será sustituido por el personal letrado o con licenciatura en Derecho de la Asesoría Jurídica según el orden de designación dispuesto por la dirección de la propia asesoría.
Entre las disposiciones también se establece que la directora del Gabinete de Alcaldía sustituirá al gerente, y el gerente será sustituido por la directora de la Asesoría Jurídica. Además, el director de Hacienda y Contratación Pública Responsable y el director de Recursos Humanos se sustituirán mutuamente; la directora del Gabinete de Alcaldía y el director de Comunicación Institucional y Transparencia se sustituirán mutuamente, y el director de Promoción Económica, Proyección Europea, Innovación, Juventud y Cooperación al Desarrollo será sustituido por el director de Hacienda y Contratación Pública Responsable.